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更高效使用Fiji/ImageJ: Action Bar

发布时间:2020-03-27 浏览量:752 来源:网络

更高效使用Fiji/ImageJ: Action Bar

这一期给大家介绍Fiji/ImageJ的一个很有用的插件:Action BarFiji/ImageJ是一款功能强大、免费开源、跨平台的软件。它最早是由美国国家卫生研究院(NIH)的Wayne Rasband先生开发,而后由无数的开发者添加插件形成。FijiImageJ的基础上默认加载了很多插件,包括打开各显微镜图像所需要的插件:Bio-Formats。所以,我一般推荐大家直接用Fiji

Fiji的软件界面非常简洁(如下)。

它的各种命令、工具和插件都在菜单栏和工具栏里。别小看这为数不多的按钮,它们可以帮助我们轻松实现如下功能:打开几乎所有显微镜拍摄的图像,测量荧光强度相关的各种参数,测量长度面积等与形态相关的各种参数,添加标尺,细胞计数,3D显示,最大强度投影,细胞追踪等等。可以说,我们日常遇到的关于图像处理的功能几乎都可以在Fiji中找到。而找不到的功能,大多也可以通过写宏来实现。这方面的资料很多,像上海科技大学的公众号“SLST分子影像平台”、清华大学的公众号“清华细胞影像平台”都有比较详细生动的介绍,我在这里就不赘述了。大家如果有需要,可以在下面留言,我可以针对大家的述求来更新。

今天给大家介绍的是Action Bar。结合Action Bar和一点宏的编写,可以大大增加大家使用Fiji的便利性。首先给大家看一下效果,如下。


我让这个小窗口在Fiji打开时自动加载(也可以选择手动加载)。然后当我使用常用命令的时候,就不需要在Fiji的菜单栏和工具栏里寻找了,直接点这个小窗口里的命令即可。是不是很方便呢?

它是如何实现的呢?首先,它需要一个插件,叫Action Bar。截止今天,它的最新版本是:action_bar206.jar。请大家自行搜索下载。提醒一句:如果大家使用Action Bar去发表了文章,请引用并致谢Jerome Mutterer等人(使用其他插件同理)。下载后,把它放到Fijiplugins目录下。然后,我们需要一个宏来实现。大家可以通过Fiji菜单栏Plugins下的ActionBar下的Action Bar来实现,如下。




在命名,并设置显示,点击OK后,Fiji会自动创建一个宏文件,如下。这时大家只需要根据自己的需要修改每个按钮的名字和功能就可以了。




这时,大家可能会困惑:我怎么知道要用什么命令呢。这时菜单栏
PluginsMacrosRecord…命令就能派上大用场了,如下。


在修改完宏后,就可以使用了。在默认情况下,该宏是放在plugins\ActionBar下的。所以调用该宏的一个方法是使用菜单栏PluginsMacros下的Run…功能。

如果大家想如我最开始展示的那样,在启动Fiji时自动启动的话,可以把该文件放在如下路径:plugins\Scripts\Plugins\AutoRun。这时要注意:宏文件中的路径也需要修改。这样就大功告成了。最后展示一下我写的这个宏。

是不是很实用、很简单呢?大家一起来试试吧。有任意疑问,可以在下面留言。


作者简介:唐吉,清华大学医学院生物医学工程硕士。

曾在蔡司、尼康公司任职产品专员、技术型销售。现任TimWinter 和 OUMATE公司华东大区经理。具有非常丰富的显微成像设备技术支持经验,擅长相关软件的二次开发。


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